Fötus olarak isimlendirilen doğmamış bebeğin dolaşım sisteminin çalışması doğumdan sonraki bebeklerden oldukça farklıdır. En önemli farklılık yenidoğan bir bebek yaşam kaynağı olan oksijeni akciğerleri aracılığıyla sağlarken,  fötus ise oksijeni plasenta (eş) aracılığıyla annesinden alır.  Oksijenlenmiş kan göbek toplardamarı (umblikal ven) aracılığıyla plasentadan bebeğin kalbine yol alır. Fötusun kalbinin yapısı yenidoğan bebeğin kalbine göre farklıdır. Fötusta iki kulakçık arasındaki atriyal septum adı verilen ara bölmenin orta yerinde foramen ovale (şekilde FO şeklinde gösterilmiş) adı verilen bir açıklık vardır. Bu açıklık sağ kulakçığa giren oksijen düzeyi yüksek kanın büyük bölümünün sağ karıncık yerine sol kulakçığa yönelmesini sağlar. Oksijenlenmiş kan sol kulakçıktan sol karıncığa ve oradan aorta yoluyla vücut dokularına yönelir. Dokularda oksijenin kullanılmasından sonra oksijenden fakir kan göbek atardamarları (umblikal arterler) aracılığıyla oksijenlenmek üzere yeniden plasentaya geri döner.

Fötusun kalbinin doğumdan sonraki bebeğin kalbinden ikinci önemli farkı aorta ile pulmoner arter arasında bir kanal olan duktus arteriosusun (şekilde DA) varlığıdır. Bu kanal kanın pulmoner arterden aortaya geçmesine izin verir.  Bu şekilde aortaya atılan kan oksijenlenmek üzere plasentaya taşınır. Duktus arteriosus adı verilen bu kanal doğumdan sonra kısa süre içinde kendiliğinden kapanır ve pulmoner arterdeki kirli kan oksijenlenmek üzere akciğerlere gider.
Fötusun akciğerleri sıvı ile doludur ve solunum işlevi yapmaz. Akciğerdeki sıvının varlığı akciğerler içine olacak kan akımına direnç oluşmasına yol açar. Akciğerler yalnızca kendi beslenmesini sağlayacak kadar kanı alırlar.  Doğumla birlikte kan dolaşımında çok büyük değişiklikler olur. Akciğerlerin hava ile dolması ile kan akımına olan direnç azalır ve sağ karıncıktan kan akciğerlere doğru yönelir. Akciğerlere gelen ve giden kanın artması sol kulakçığa dönen kan miktarını ve sol kulakçığın basıncını artırır. Basınç artışı foramen ovalenin sol tarafındaki tek yönlü bir kapak olan septum primumu foramen ovale açıklığına doğru iterek bu açıklığın kapanmasını sağlayarak iki kulakçığın dolaşımları arasındaki bağlantıyı ortadan kaldırır.  Bu olay sonucunda sağ kulakçığa gelen kan sol kulakçığa geçemeyeceği için sağ karıncığa ve buradan pulmoner artere atılır. Sonuç olarak akciğere giren kan miktarı artmış olur. 
Bu sırada gerçekleşen başka bir olay da doğumdan sonraki ilk ya da ikinci gün içinde duktus arteriosusun kapanmasıdır ki bunun sonucunda aorta ile pulmoner arter arasındaki bağlantı da ortadan kalkar.
Doğumdan sonra yukarıda sözü edilen değişiklikler gerçekleşmez ise doğuştan kalp hastalığı gelişebilir. Örneğin duktus arteriosus kapanmazsa kalp yetersizliği gelişebilir